Իրանի շահի օգնությամբ նա վերադարձավ Էջմիածին եւ վերականգնվեց կաթողիկոսական գահին։

1705 թվականի հունիսի 13-ին Էջմիածնում վախճանվեց Նահապետ Ա Եդեսացի կաթողիկոսը

Մայր Աթոռի վանականները, դժգոհելով Կաթողիկոսի ղեկավարությունից՝ Նախիջևանի և Գողթնու եպիսկոպոսների գլխավորությամբ, դիմեցին Նոր Ջուղայի հայությանը։ Կաթողիկոսին գահընկեց անելու և Իրանա-Հնդկական թեմի առաջնորդ Ստեփանոս Ջուգաեցուին կաթողիկոս ձեռնադրելու խնդրանքով։  Արդյունքում Նահապետ Առաջինը վտարվեց Թավրիզ, իսկ Ստեփանոս Ջուղաեցին ժամանեց Սուրբ Էջմիածին և 1695 թվականին ձեռնադրվեց կաթողիկոս։   Սակայն տասը ամիս անց Իրանի շահ Հուսեյնի օգնությամբ նա վերադարձավ Էջմիածին եւ վերականգնվեց կաթողիկոսական գահին։   1699 թվականին Իրանի իշխանությունների հետ հարաբերությունները չվատթարացնելու համար նա մերժել է Իսրայել Օրուի ազգային-ազատագրական պայքար սկսելու ծրագիրը։
Թաղված է Սուրբ Շոխակաթ եկեղեցում

13 июня 1705 года в Эчмиадзине – скончался Католикос Наапет Первый Эдесаци- Монахи Первопрестольного , недовольные управлением католикоса, во главе с епископами Нахиджеванским и Гохтнийским, обратились к армянам Нор Джуги с просьбой свергнуть католикоса и рукоположить главу Ирано-Индийской епархии- Степаноса Джугаецу, как католикоса. В результате Наапет Первый был выдворен в Тебриз, а Степанос Джугаеци прибыл в Святой Эчмиадзин и был рукоположен в католикосы в 1695 году. Однако через десять месяцев с помощью иранского шаха Хусейна он вернувшись в Эчмиадзин, был восстановлен на престоле католикоса. В 1699 г., чтобы не ухудшать отношения с властями Ирана он отверг план Исраэля Ору начать национально-освободительную борьбу.
Похоронен у Церкви Святой Шохакат

On June 13, 1705, in Etchmiadzin, Catholicos Nahapet the First of Edesatsi died. The monks of the Mother See, dissatisfied with the management of the Catholicos, led by the bishops of Nakhijevan and Goghtni, turned to the Armenians of Nor Jugha with a request to overthrow the Catholicos and ordain the head of the Iranian-Indian diocese, Stepanos Dzhugaetsu, as Catholicos  .  As a result, Nahapet the First was expelled to Tabriz, and Stepanos Dzhugaetsi arrived in Holy Etchmiadzin and was ordained Catholicos in 1695.   However, ten months later, with the help of the Iranian Shah Hussein, he returned to Etchmiadzin and was restored to the throne of Catholicos.   In 1699, in order not to worsen relations with the Iranian authorities, he rejected Israel Oru’s plan to start a national liberation struggle.
Buried at the Church of St. Shokhakat