Գլխավորելով  Պաշտպանության պետական կոմիտեն,1992-ից համարվել է ԼՂՀ գերագույն իշխանության ղեկավար

1994 թվականի դեկտեմբերի 23 – Ռոբերտ Քոչարյանը ԼՂՀ Գերագույն խորհրդի կողմից ընտրվեց անկախ Արցախի առաջին նախագահ 2 տարի ժամկետով։ 

Նա  Լեոնարդ Պետրոսյանը,իրավահաջորդն էր   ով ղեկավարել է Արցախը 1992 թ-ի  ապրիլի 14-ից՝ Արթուր Մկրտչյանի (Արցախի առաջին առաջնորդ) մահվանից հետո։
Քոչարյանը՝ Լեւոն Տեր-Պետրոսյանի աջակցությամբ, հնարավորություն ուներ դառնալու ժողովրդի կողմից ընտրված Արցախի առաջին ղեկավարը, սակայն 1992 թվականի հունվարի 6-ին ԼՂՀ Գերագույն խորհրդի նախագահի ընտրություններում անսպասելիորեն պարտվեց. ՀՅԴ ներկայացուցիչ Արթուր Մկրտչյան.
  Մինչև այս առանձին գործող ջոկատների հիման վրա, որոնք պարտիզանական կռիվ էին մղում ռուս-ադրբեջանական ուժերի դեմ, ստեղծվեց բանակի միացյալ շտաբ, իսկ Արկադի Տեր-Թադևոսյանը Վազգեն Սարգսյանի առաջարկությամբ. հրամանատար.

23 декабря 1994 года  – Роберт Кочарян избран Верховным Советом НКР первым президентом независимого Арцаха сроком на 2 года. Несмотря на то, что Роберт Кочарян вступил в должность президента НКР 23 декабря 1994 года он  возглавляя Государственный комитет обороны, созданный с 15 августа 1992 года, считался руководителем верховной власти НКР, став приемником Леонард Петросяна, который руководил Арцахом с 14 апреля того же года-  в период после гибели Артура Мкртчяна(первого лидера Арцаха)
У Кочаряна поддерживаемого Левоном Тер-Петросяном   были шансы стать и  первым избранным народом лидером Арцаха , однако он тогда 6 января 1992 года   в  выборах на должность  предсеталя  ВС НКР, неожиданно проиграл представителю АРФ Артуру Мкртчяну.
До это времени  были сформированы отдельные отряды, которые вели партизанскую борьбу против российско-азербайджанских сил, на основе этих отдельно действующих отрядов был  создан объединенный армейский штаб, а Аркадий Тер-Тадевосян по рекомендации Вазгена Саргсяна  был  командующим .

December 23, 1994 – Robert Kocharyan was elected by the Supreme Council of the NKR as the first president of independent Artsakh for a term of 2 years. Despite the fact that Robert Kocharyan assumed the post of the NKR president on December 23, 1994, he, heading the State Defense Committee, created on August 15, 1992, was considered the head of the supreme power of the NKR, becoming the successor of Leonard Petrosyan, who led Artsakh since April 14 of the same year – in the period after the death of Artur Mkrtchyan (the first leader of Artsakh)
Kocharyan, supported by Levon Ter-Petrosyan, had a chance to become the first elected leader of Artsakh, but then on January 6, 1992, in the elections for the post of chairman of the NKR Supreme Council, he unexpectedly lost to the representative of the ARF Artur Mkrtchyan.  Until this time, separate detachments had been formed that waged guerrilla warfare against Russian-Azerbaijani forces; on the basis of these separate detachments, a joint army headquarters was created, and Arkady Ter-Tadevosyan, on the recommendation of Vazgen Sargsyan, was the commander.